La Segunda temporada se retoma justamente al final de la primera, vemos los acontecimientos que han provocado los tornados.
Clark consigue rescatar a Lana que se encontraba atrapada por uno de ellos, además ayuda a su padre y a Lionel que permanecían atrapados en una casa.
Todos acuden al centro médico donde diagnostican la ceguera de Lionel mientras que Lana está intacta.
Clark empieza el nuevo año de instituto con una nueva capacidad: visión de calor y una nueva vulnerabilidad: la kryptonita roja.
Clark comparte su secreto con Pete y se acerca aún más a la familia Kent.
Clark sigue batallando villano infectados por kryptonita verde, pero la búsqueda por descubrir los misterios de sus propios orígenes ocupa la mayor parte de su atención este año.
Clark también encontrará unas cuevas donde aprenderá mas cosas de su pasado, con la ayuda de Virgil Swann (Christopher Reeve).
Lana se muda a vivir con los Sullivan después de que su tía abandona Smallville; y Lana encuentra a su padre biológico, Henry Small.
Lex batalla ferozmente contra su padre por el control de LuthorCorp mientras se enamora y se casa con la Dra. Helen Bryce.
Chloe intenta resolver sus sentimientos contrapuestos y relaciones complejas con Clark y Lana.
La temporada finalizará con Clark recibiendo una llamada de su padre Jor-El, a la que responde revelandose. Coge el anillo de Kryptonita roja (visto en un episodio de la 1ª temporada) y se marcha a Metrópolis en moto.
Los créditos de la Temporada 2 de cada episodio son los siguientes:
Resumen de cada capítulo:
1 – VÓRTICE
Lana está prisionera del tornado pero aparece Clark para ayudarla. Mientras tanto Jonathan, va detrás del periodista que lleva las pruebas de la procedencia extraterrestre de Clark. Por otro lado, Lionel está muy grave y Lex tiene que tomar una decisión.
2 – CALOR
Clark descubre un nuevo poder y debe entrenar para controlarlo o sino alguien podría salir herido. Por otro lado Lex se casa con una mujer capaz de controlar sus feromonas para controlar a los hombres.
3 – DUPLICIDAD Pete encuentra la nave en la que vino Clark lo que crea un conflicto entre ambos ya que tiene que tomar una decisión sobre si contarle su secreto.
4 – ROJO
Los anillos de la promoción de Clark están hechos de un meteorito rojo que afecta mentalmente a Clark sacando todo los sentimientos que tiene dentro y eliminando su timidez con las chicas.
5 – NOCTURNO
Lana descubre que tiene un admirador secreto un tanto especial ya que solo se le ve por las noches y sus padres le prohíben salir. Clark siente celos de Byron y decide intentar aprender algo de la poesía.
6 – RENACER Clark debe encontrar a un fenómeno con el don que Quitar la juventud de los demás para poder vivir. Los Kent viven con problemas económicos justo cuando William Clark, (George Coe) el padre de Martha llega a complicar las cosas. Lana descubre más secretos sobre el pasado de su madre.
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– LINAJE
Una señora de nombre Rachel Dunleavy (Blair Brown) se aparece a Clark diciendo que es su verdadera madre. Mientras Clark descubre que Chloe continúa con sus investigaciones sobre él, Jonathan y Martha se verán obligados a confesarle lo que ocurrió justo después de la lluvia de meteoritos. Lana conoce a Henry Small, (Patrick Cassidy) quien podría ser su verdadero padre.
8 – RYAN
Ryan James (Temporada 1, Episodio 16, «Stray») se encuentra atrapado en un hospital psiquiátrico llamado Summerholt y le pide ayuda a Clark. Lamentablemente, dicha instalación hizo de que Ryan obtuviera un tumor cerebral, y le quedara poco tiempo para vivir.
9 – DICOTOMÍA
Un joven llamado Ian Randall (Jonathan Taylor Thomas) tiene el don de Duplicarse en dos, y lo utiliza para engañar tanto a Chloe como a Lana con el fin de graduarse antes de tiempo. Como Clark sospecha de él, Chloe y Lana piensan que está celoso. Jonathan no está de acuerdo que Martha trabaje para Lionel. Lex asiste a sesiones en contra de la ira, donde se reencuentra con una vieja amiga, la Dra. Helen Bryce (Emmanuelle Vaugier).
10 – MUTANTES
Clark descubre lo que se llama Las Cuevas Kawatche, ubicado debajo de un territorio de construcción de LuthorCorp, llenos de símbolos de antiguos Nativos Americanos. Un local Nativo Americano llamado Joseph Willowbrook (Gordon Tootoosis), su nieta Kyla (Tamara Feldman) conocen a los Kent y les revela sobre la leyenda de Numan, un hombre caído de los cielos destinado a salvar al pueblo Kawatche. Dicha historia es el primer paso sobre el origen real de Clark.
11 – SEMBLANTE
Whitney Fordman (Eric Johnson) regresa del extranjero con el propósito de recuperar a Lana. Pero Clark, con el fin de proteger a Lana, descubre que «Whitney» es en realidad Tina Grier (Temporada 1, Episodio 4, «X-Ray»), cuya obsesión hacia Lana aumentó. Lana tambien descubre que Whitney Fordman (Eric Johnson) ha fallecido en combate.
12 – INSURRECIÓN
Como Lionel estuvo espiando a Lex, este lanza un contraataque contratando a personas para que le ponga micrófonos a toda la oficina de su padre en LuthorCorp, pero la avaricia de ellos crece cuando toman como rehenes al propio Lionel y a Martha, quien descubre que este ha hecho investigaciones sobre Clark y construyendo meteoritos refinados. Clark hace una cosa desesperada para salvar a su madre.
13 – SOSPECHOSO
Lionel es atacado en su propia mansión y Jonathan es el principal sospechoso. Clark trata de investigar quien más quería matar a Lionel y culpar Jonathan, pero descubre que hay pistas que llevarían a otro sospechoso inesperado: a Lex. Mientras, Lana le pide a Henry Small que aboge por el caso de Jonathan, pero este se niega debido a un caso del pasado que tuvo con Lionel.
14 – EUFORIA
Chloe y Pete son afectados por una bacteria de las Cuevas Kawatche que los vuelve eufóricos, participando en situaciones arriesgadas, y Clark se une a ellos, ya que Pete lo afecta con el Meteorito Rojo. Lex contrata al Dr. Frederick Walden (Rob LaBelle), experto en jeroglíficos, para tratar de traducir los símbolos encontrados en las paredes de las Cuevas Kawatche.
15 – PRÓDIGO
Lex descubre que su medio hermano Lucas Luthor Dunleavy (Paul Wasilewski) está vivo, y Lionel, aprovechando la situación, saca a Lex de su herencia, obligándolo a vivir con los Kent. Pero Lucas descubre que su padre ya se recuperó de su ceguera e intenta un plan para embaucarlo.
16 – FIEBRE
Martha ha sido afectada por cierta toxina de meteorito mientras escondía la llave octogonal que le robó a Lionel. Gracias a esto, la Granja Kent está en cuarentena y Clark se ve obligado a esconder su nave, pero también se enferma por la misma toxina. Helen descubre lo que no debía. Chloe revela intensos sentimientos hacia Clark, y Martha le dará una sorpresa a Jonathan.
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7 – ROSETTA
El episodio que definió el verdadero origen de Clark Kent: Después de sucesos extraños en las Cuevas Kawatche y en la Granja Kent, Clark aprende el idioma de las cuevas y el Dr. Walden (del episodio 2.14) queda en coma debido a sobrecarga de información. Asimismo, Clark va a Nueva York y conoce a un científico llamado Virgil Swann, (Invitado Especial: Christopher Reeve), quien le revela un extraordinario descubrimiento: que viene de un planeta lejano llamado Kryptón, que dicho planeta fue destruido por razones desconocidas, que los meteoritos son restos del planeta llamados Kryptonita, que su verdadero nombre es Kal-El y que su verdadero padre le encomienda un destino que tiene que cumplir.
18 – VISITANTE
Cierto joven llamado Cyrus Krupp (Jeremy Lelliot), después de «icinerar» cierto objeto, dice ser un alienígena, lo que motiva a Clark a estrechar su relación con él, pensando que también viene del planeta Kryptón, ya que Cyrus afirma que llegó el mismo día de la lluvia de meteoritos.
19 – PRECIPICIO
Gracias a que un hombre borracho agrede a Lana en «The Talon», Clark se enfurece y se venga lastimándole, lo que causa que él cuestione sus poderes y que se haya convertido en el principal blanco de la Sheriff Nancy Adams (Camille Mitchell), lidiando con una inmensa demanda que sus padres no pueden pagar. Mientras, Helen recibe la visita de su ex-novio Paul Hayden (Anson Mount); pero luego somete tanto a Lex como a Clark en una situación peligrosa.
20 – TESTIGO
Clark es testigo de un robo de kriptonita refinada en LuthorCorp, pero descubre que ellos son casi invencibles, ya que se hacen igual de fuertes que él mediante la inhalación de kriptonita fundida, entre ellos un deportista llamado Eric Marsh (Zachery Ty Bryan). Lana se verá obligada a dejar ir a su verdadero padre debido a los celos de su esposa. Lionel le ofrece a Chloe una tentadora oferta: la renovación de «La Antorcha» y unas pasantías del diario «El Planeta» a cambio de espiar a Clark.
21 – ACELERAR
Lana empieza a ver visiones de su amiga de la infancia, Emily Dinsmore (Jodelle Ferland), quien murió seis años antes. Clark descubre que dicha niña es en realidad un clon de Emily, cuyo padre creó a base de kriptonita; como Emily no tiene sentido de la moral, se volverá peligrosa, atentando la vida de Lana. Lex hace los preparativos de su boda con Helen.
22 – LLAMADA
El Dr. Walden despierta de su coma y le advierte tanto a Lex como a Lionel que Clark es un alien y que deben destruirlo. Clark y Lana tienen un encuentro romántico, despertando los celos de Chloe. Durante el ensayo de la boda de Lex y Helen, Clark empieza a escuchar voces internas.
23 – ÉXODO
Clark conoce a su padre biológico, Jor-El (La voz de Terence Stamp) mediante la nave, quien le pide que abandone todo lo que tuvo, ya que tiene un destino que cumplir; como se niega, se atreverá a cometer una gran locura. Comienza la boda de Lex y Helen, terminando en un suceso trágico. Lionel se aprovechará de la furia de Chloe. Martha tiene un horrible accidente y Clark, frustrado y conmocionado por el dolor, decide abandonar a Smallville y a todo lo que ama…